当企业发现员工违反竞业协议后，可以采取以下法律行动：

收集证据：企业首先需要收集证据来证明员工确实违反了竞业协议。这包括但不限于员工在竞争对手处工作的证据、泄露商业秘密的证据等。

发出警告函：在收集完证据后，企业可以先向员工发出警告函，要求其立即停止违约行为，并可能提及可能的法律后果。

寻求法律救济：如果员工无视警告继续违约，企业可以考虑提起法律诉讼。在诉讼中，企业需要证明竞业协议的有效性、员工的违约行为以及由此造成的损失。

申请禁令：在某些情况下，企业还可以申请法院发布禁令，阻止员工继续从事违约行为。

要求赔偿：企业有权要求员工赔偿因其违约行为所造成的经济损失。这可能包括实际损失和预期利益的损失。

需要注意的是，企业在采取上述行动时，也需要确保自己的行为符合法律规定，避免过度限制员工的合法权益。